青海师范大学班禅研究院成立于2013年，是目前国内外唯一一所专门从事班禅研究的学术机构。班禅研究院以弘扬历代班禅大师爱国爱教思想为宗旨，组织专兼职研究力量，开展学术研究。
1985年，青海民族师范高等专科学校在海南藏族自治州州府共和县恰卜恰镇成立。1986年，学校聘请原全国人大常委会副委员长、第十世班禅额尔德尼·确吉坚赞担任名誉校长。
1987年，第十世班禅额尔德尼·确吉坚赞亲临学校视察工作，对学校建设发展做出了重要指示。十世班禅一生爱国爱教，为维护祖国统一、民族团结，促进藏区社会发展、经济繁荣做出了卓越贡献，尤其对青海民族师范高等专科学校的建设给予了大力帮助与支持。十世班禅视察结束后，学校决定修建名誉校长办公室，并于1989年9月竣工落成。
2000年，青海省委、省政府调整高等教育结构，整合我省高等教育资源，将青海民族师范高等专科学校与青海师范大学合并，成立了青海师范大学民族师范学院海南校区。民族师范学院成立后，青海师范大学校党委、校行政高度重视学院的建设，关注海南校区的发展，当了解到名誉校长办公室年久失修，决定维修名誉校长办公室，并积极争取省上有关部门和领导的支持，2011年9月，在省各级领导的大力支持下，名誉校长办公室维修建设正式启动，2012年9月工程顺利完工。
为继承和弘扬历世班禅爱国主义精神，研究历代班禅重要的学术文化思想，促进民族团结进步先进区创建活动。2013年青海师范大学决定以学校民族师范学院海南校区名誉校长办公室为依托，成立班禅研究院。同年4月和5月，学校领导先后两次前往北京拜见第十一世班禅额尔德尼·确吉杰布，向他汇报名誉校长办公室维修竣工情况和成立“班禅研究院”事宜，并恳请他题写“班禅研究院”院名。第十一世班禅充分肯定了我校为民族教育事业所做出的贡献，对学校工作做出重要指示，并用藏汉两种文字亲笔题写了“班禅研究院”院名。
2013年7月8日，第十一世班禅追寻十世班禅的足迹，专门莅临我校班禅研究院视察指导工作。并表示班禅研究院独一无二，做好班禅研究院工作意义重大。我校与第十世、十一世班禅之间这种特殊的历史渊源关系，是我们开展班禅研究的特殊优势。既是继承和发扬班禅爱国爱教思想，教育新时代青年学子和广大僧侣、信教群众，又是对继承和发扬藏传佛教优秀文化具有十分重要的现实意义。
班禅研究院现有专职研究员1名（博士），特邀研究员55名，兼职研究员22名。先后派遣部分研究人员到西藏、青海、甘肃和四川等地开展与历世班禅相关的文献搜集、考察访谈等工作。研究院现藏800多函藏文古文献，1000余件历世班禅相关图书、资料、音像制品，自编19册《班禅研究资料选辑》，筹划出版《班禅研究辑刊》（藏、汉两文）、《班禅研究资料目录索引》等。目前，研究院承担中国藏学研究中心重大招标项目——《历世班禅文集》的整理与出版工作。经两年多的搜集、整理、录入、校勘，目前正在实施项目的第四次校勘、验收、审阅工作。班禅研究院与中国藏学研究中心、中国藏语系高级佛学院、扎什伦布寺、中央民族大学、民族文化宫等之间搭建了良好的学术平台和科研合作关系。
在未来工作中，班禅研究院将以研究历世班禅爱国爱教、利乐有情思想为研究重心。既立足于本土语言资源和文化资源的挖掘上，又以国际化的视野和前沿理论成果来指导研究。力争在基础条件建设、班禅学术研究、民族学科建设和科研人才培养方面取得较大幅度提升，将班禅研究院建设成为具有重要影响的学术研究基地和爱国主义、民族团结教育基地。