近年来，纳帕海省级自然保护区管护局多措并举，着力提升湿地生态健康质量，提高群众自觉保护湿地生态意识，凝聚起“共护湿地、共建家园”合力，为候鸟迁徙提供了适宜的栖息环境，湿地保护取得了明显成效。
2016年，纳帕海国际重要湿地开始实施湿地生态效益补偿项目，通过实施湿地生态服务功能补偿、湿地恢复区补偿、湿地生态环境综合整治示范、管护人员聘用等内容，有效提升湿地生态健康质量，提高群众自觉保护湿地生态意识，提升湿地保护管理能力。结合湿地生态效益补偿项目的开展，纳帕海管护局与建塘镇政府每年至少召开1次管护联席会、开展1次生态主题党日活动、组织1次生态党课，让村民真正参与到纳帕海的管护工作中，充分发挥村民的主人翁意识，实现从“要我保护”到“我要保护”的转变。
2023年，纳帕海管护局全面加强纳帕海周边生态环境保护，全面推进水环境整治和水患治理，以“三个着力”，推进“四件大事”，破解“五大难题”的目标要求和护好一江、治好一湖、守好香格里拉“生灵草木、万水千山”的工作思路，真抓实干，实现纳帕海水位处于安全水位的目标。同时，根据纳帕海季节性湖泊的特点，主要保护对象黑颈鹤等越冬水禽生境需求和湿地功能来控制最佳生态水位。在各部门的努力下，纳帕海水环境治理工作取得了阶段性成效，水质有所提升，为黑颈鹤、黑鹳等珍稀候鸟提供最佳的栖息环境。
近年来，纳帕海管护局积极开展宣传活动，工作人员用本地藏语和身边的例子，向村民讲解湿地保护相关法律法规、政策项目等，并利用微信公众号发布工作动态、越冬候鸟栖息情况等内容，利用省级生态文明教育基地平台，面向社会团体开展各类科普活动，提高了村民和社会各界人士的湿地保护意识。同时，纳帕海管护局把科普宣教与湿地生态效益补偿项目相结合，补偿项目的成效为宣教工作添砖加瓦，使生态文明带来的好处不仅仅停留在口号上，而是实事求是地体现在纳帕海生态环境的变化上。
根据监测调查，纳帕海湿地记录有兽类25种、鸟类209种、爬行类11种、两栖类13种、鱼类12种，主要保护对象——黑颈鹤，在1984年仅有61只，2022年至2023年增长至510只。2022年，新记录到国家一级保护动物黄胸鹀，2022年9月至10月，记录到国家二级保护动物白头鹞、靴隼雕、栗鸢等鸟类……纳帕海已成为越冬候鸟的天堂。同时，随着湿地生态质量的提升，纳帕海的度夏鸟类品种也不断增加，目前已记录到斑嘴鸭、绿头鸭、赤麻鸭、白鹭、牛背鹭、骨顶鸡、黑水鸡、红脚鹬等。