据藏文史料和佛教徒修的一些专书称，觉苯大约产生于吐蕃王朝的中后期。这是教传入卫藏并取得一定的地位以后，苯教徒为了提高与佛教徒进行政治斗争的需要而产生的一个派别，也是苯教发展的一个重要阶段。
　　 “觉”（bsgyur），藏语是翻译、改变之义，也含有染色的意思，谓之种苯教已染上了佛教的颜色。土观把觉苯分为三个发展时期。前期觉苯，据传有一名穿兰色裙子的班智达把一部分佛经埋起来（史称"伏藏"），过了一些时候，他自己把埋藏的佛经掘出来，掺杂入苯教的内容流传，成为一个流派。中期觉苯，传自赤松德赞时期，赞普下令所有的苯教徒或者弃苯归佛，或者做纳税的百姓，如果两者都不愿做，就将违法者驱逐出境。当时有一僧人，名嘉委降曲（rgyal bvi byang chub），先皈依法门，习佛法，后来，他不想继续学佛法，受到赤松德赞的处罚，遂联合苯教徒，与之合流，将一部分佛教经典译为苯教经典。赤松德赞知道后，下令凡篡改佛经为苯教经典者格杀勿论。在这一事件中，许多苯教徒受株连丢了脑袋。因此，苯教徒十分害怕，将尚未译完的佛经埋于地下或藏之于岩洞中，后世作为伏藏挖出，流传于世，遂名为之苯藏法。后期觉苯，兴起于朗达玛灭佛之后，佛教徒的著作称这是苯教最后一次染色。据传在后藏良堆（nyang stod）地方有一个叫作贤古隆伽（gshen rgu glu dgav）的苯教徒，在前藏达域卓拉（daryul sgro lag）苯教道场，将大量佛经改为苯教经典。如将《般若十万颂》改为《康勤》（kham chen），《般若二万五千颂》改为《康穹》（kham chung），《瑜伽师地》中的《决择分》（gtan la bbab）改为《苯经》（bon mdo），《总持五部》（gzungs sde lng）改为《十万黑白龙经》（klu vbum dkar nag），等等。他们把这些篡改的佛经掺入苯教名相、术语，并加以注释，以示有别于佛教的经典。事后又把这些改头换面的佛经埋在错安誓乌穹（mtsho lng vdrevu chung）石山下，不久即佯称发现了伏藏，将之掘出，传播于世。在贤古隆伽之后又有苯教徒穷布（khyung po）等，亦篡改了不少佛经为苯教经典。所有这些都成为苯教经典的重要组成部分。以上三个时期的觉苯，佛教史上称之为白派（cnab dkar），也叫作果苯派。
　　 从此，苯教开始有了比较系统的经典作为依据，成为有一定的宗教哲理的所谓系统化的苯教。据藏文史料记载，苯教也有类似于佛教“甘珠”（bkar vgyur）那样的经典以及其他经典。根据其阐述的内容，又可分黑白两个系统。黑派系统称"恰纳池巴举吉苯"（chab nag srid pa rgyud kyi bon）。顾名思义，这个系统的经典是保存古老苯教内容最多的部分。其中主要有"中观讲说教典"（lta ba ston pvi gzhung），"修行教典"（sgom pvi gzhung），"作法教典"（spyod pvi skor），"事业方面的教典"（phrin las kyi skor）。白派系统称"白密咒苯"（chab dgar snggs kyi bon），他们自称其全部经典集为"九乘"。九乘是：恰贤（phy gshen）、朗贤（snang gshen）、楚贤（vphruL gshen）、斯贤（srid gshen）、格尼（bge bsnyen）、阿噶（a dkar）、仗松（drang srong）、耶贤（ye gshen）、钦波叠巴（chen ovi pa gcig）、即最上一乘。前四乘称"四因乘"（rgyuvi theg pa bzhi），后五乘中，除"波巴"外，则称"四果乘"（vbras bu li theg pa bzhi）。
　　 从后世对“九乘”的内容解释来看，“四因乘”主要是讲祈福禳灾，占卜吉凶、崇尚咒术、驱役鬼神、为死者超渡亡灵等原始宗教仪式。“四果乘”和最上一乘，则是讲苯教的哲理教义，所谓篡改佛经为苯教经典的具体内容，就在这后五乘里。
　　 甘孜地区八邦寺高僧云丹嘉措在《不分教派总述诸宗源流智者项严史》中说：“当法王赤松德赞时，兼承莲花祖师和静命二德之意，将诸有害之苯教法术大半消灭，其苯教徒一类则流逐边鄙。至于苯教中之占卜、推行祈福、禳祓等术，凡于生有利者即多存而未毁。”（见《康藏研究月刊》第26期，刘立千先生译）这里所谓"有害之苯教法术"，大概是指崇拜鬼妖、杀牲、用血祭祀等古老的苯教宗教仪式。但是，任何一种"宗教一理形成，总要包含某些传统的材料，因为在一切意识形态领域内传统都是一种巨大的保守力量。"（恩格斯：《路德维希•费尔巴哈和德国古典哲学的终结》）这种"巨大的保守力量"不同于政治、法律等意识形态，随着他所依附的经济基础崩溃而被摧毁，而是可以越过不同的时代，采取各种形式保存下来。古老苯教就是这样，它的许多宗教仪式，无论是崇拜鬼妖，还是以牲祭祀，经过一番改头换面的改造后，又以不同的形式出现了。直至解放前夕，甚至今天，这种古老苯教信仰在藏区民间仍然非常流行。许多地方的人，每逢病、死或遇到自然灾害时，则举行古老苯教的仪式。只不过是以糌粑揉制成的面人或人皮、人骨代替过去的活人，以木雕刻成或图画的动物代替过去的活生生的动物，以染红色代替过去的血祭而己。过去崇拜的妖魔如今变成所谓护法神加以推崇，并作为喇嘛教的宗教仪式保留下来。
　　 尽管早期苯教是原始社会的产物，但随着藏族社会向前发展，苯教也发生了很大变化。其变化不仅表现在上面所说的经典和宗教仪式方面，在宗教道场方面也发生了一定的变化。早期苯教徒的宗教活动不是在神圣的卫城内进行，而是在小小的神坛旁或山洞里。特别是奇形古怪的山洞，他们认为是最好的“修法室”（sgrub khng）。这种情况一定程度上反映了藏族原始社会时期的真实生活，至今西藏山南地区雅隆海谷的居民，仍指着当地某些洞穴为传说中的先民遗迹。在吐蕃王朝时期，苯教也没有建立起寺院，其道场仍在山洞里或雪山下。青藏高原上所有神密的高山湖泊，都是苯教徒的理想道场，如冈底斯山、念青唐古拉、朗错湖等。他们自称有三十七圣地，其中包括以上这些地方。吐蕃王朝崩溃后，随着所谓系统苯教的兴起，逐渐出现了寺院。据藏文史料称，早期的苯教寺院有西藏地区的"贤达顶"（gsnen dar sding）和"甲莫"（rgyal mo），康区的"拥宗拉顶"（gyung drung lta lding），被称为苯教三大寺。其中"拥宗拉顶"在清朝乾隆平定金川后，改为黄教寺院。
　　 苯教的寺院有其独特之处。首先，大部分苯教寺院建在远离交通干线的偏僻山沟里，不像佛教寺院建在交通沿线、商业中心。其次，苯教寺院一般都混建于村子中间，寺院的规模小，僧侣也少，有些寺院实际上是家寺。另外，苯教寺院很多都冠有“拥宗”（gyung drung）这个名称，如甘孜的"觉隆拥宗寺"，阿坝地区的"拥宗拉顶"寺等。不过，凡建有寺院的苯教，基苯上都是属于"白苯教"。