1938年，36岁，与罗罗等人一道从印度回西藏考察，于同年返回印度。
　　2月，《欲经》成书。写于摩揭陀（Magadha）的孔雀城（Mathura，现名巴特那）。更敦群培将此书的原稿寄给了拉萨的噶雪·曲吉尼玛，后来便以手抄本的形式在藏区流传。
　　2月，在《明镜》IX（7－8）发表Dbu－can las dbu－med rang－byung du grub－pa（《藏文草书源于楷书体》），研究了藏文草书（dbu－med）的发展演变，认为藏文草书是由藏文楷书（dbu－can）的简写和速写发展形成的。
　　在鹿野苑与安多荣巴（疯子）更敦维色（Smyon－pa dge－vdun vod－zer）相识。
　　5月4日，与罗罗一道拜访了因病在噶伦堡疗养的印度大文豪、1913年诺贝尔文学奖获得者泰戈尔（Rabindranath Tagore，1861－1941）。
　　随后，自噶伦堡北上入藏考察，经萨玛达（Sa－ma－da）、江孜，到达日喀则，住了3周，在扎什伦布寺巧遇入藏朝佛和学经的五世嘉木样活佛，前去拜见，彼此进行了友好的交谈。然后到俄尔（Ngor）、那塘和萨迪考察两周。在这次考察中，更敦群培曾带着一位年青漂亮的康巴女子，名叫巴桑卓玛（Pa－sangs－sgrol－ma），后来，他还写了一首诗献给她。并为她画了许多速写草图。
　　同年，在返回印度后，完成了《欲经》的编写。
　　10月2日，结束考察，返回锡金甘托克。
　　11月11日，（一说25日）在《明镜》X（3）发表Bod－kyi－rgyal－rabs－gal－chen（《吐番王统述要》）。
　　1939年，37岁，1月21日，在《明镜》X（4）发表Yul kyi ming dang mtshamsbrje－tshul（《地名的演变与边境地区的关系》。
　　8月，在《摩诃菩提》（Mahabodhi）发表Kumbum，The Mystic City，（《塔尔寺——神秘之城》）。
　　194o年，38岁，曾在德里印度学家和佛教文献收一藏家拉格福·维纳（RaghuVira）家居住。
　　2月，因塔钦赴拉萨出席十四世达赖喇嘛的坐床典礼，接受罗列赫的邀请，离开噶伦堡，搬到纳嘎尔（Naggar）罗列赫家中居住。开始与罗列赫合作翻译藏文史学名著《青史》，藏译英，到1944年译毕。
　　在《摩诃菩提》（《大觉》，Mahabodhi）发表3篇文章：
　　1．My Journey from khumbun to Lhasa（《我从塔尔寺到拉萨的旅程》）。
　　2．Lhasa，TheCapital of The Land of Snow（《拉萨——雪域之都》）。
　　3．An III－Starred Dalai Lama（《一位不幸的达赖喇嘛》）。 1941年，39岁，翻译完成印度古典名著《薄伽梵歌》的第十二章，《虔信瑜伽》，系由梵文译成藏文。1941年由印度大吉岭罗摩克里希纳吠檀多传教会（Sri Rama Krishna Vedanta Ashram）出版，共11叶。
　　1月，在《摩诃菩提》上发表两篇文章：
　　1．Two Famous Bengali Pandits in Tibet（《西藏的两位著名的孟加拉学者》）。
　　2．Lama Geshe Chompell （《喇嘛格西群培》）。
　　与罗罗一道赴锡兰，入梵文大学学习梵文。
　　在昌都与次旦玉珍相识，并结成良缘。
　　1942年。40岁，女儿格吉央宗出生。
　　1943年，41岁，12月29日，致函告知罗罗：由于第二次世界大战尚在进行，美国之行已经取消。
　　1944年，42岁，在库卢（Kulu）完成巴利文佛典名著《法句经》的翻译。这部作品旅居锡兰（即斯里兰卡）的“摩诃菩提学会”时着手翻译的，系由巴利文译成藏文。
　　是年出版的《法句经》第一版，刊载有俄国藏学家、更敦群培的朋友和合作者罗列赫（G．Roerich）于8月撰写的序言。
　　1945年，43岁，5月，宁玛派瑜伽师齐美仁增（Vchi－med rig－vdzin）到印度朝圣，来到库卢附近、传说是莲花生大师诞生地的热瓦尔萨（Rewalsar），住在库卢的更敦群培前往会晤。齐美仁增建议更敦群培不要回西藏。
　　从锡兰返回噶伦堡，在此与邦达饶嘎相遇。
　　与邦达饶嘎、江乐金·索朗杰布、土登贡培组建“西藏革命党”（藏文为：nublegs bcos skyid sdug，英文译作），主要在噶伦堡和大吉岭一带活动。一说建于 1939年。（海德：《安多的托钵僧》）
　　离开印度，回到阔别12年的西藏。经门达旺、措那入境，在措那的洛桑朗杰（益西赤列之父）家住了近两月，为洛桑朗杰讲授文法和诗学。并在此考察“麦克马洪线”，为“西藏革命党”绘制地图。后由洛桑朗杰提供一匹马和沿途食宿，回到阔别拉萨。
　　1946年44 回到拉萨。在冲赛康的旺堆边巴与洛桑朗杰之子、色拉寺喇嘛益西赤列相识。
　　1946年2月由霍康·索朗边巴陪同，到日玛岗和乌香多，考察吐蕃赞普赤德松赞时代修建的噶琼多吉因坛城佛殿遗址内保存的一块石碑和赤祖德费（热巴巾）所建的乌香多（又名白弥扎西格培林）佛殿内保存的一块石碑进行了仔细的考察。并说：“噶琼石碑的碑文可以纠正过去史书上的一些讹误。”
　　4月，被噶厦逮捕入狱。一说7月下旬，噶厦派遣两名拉萨地方官员，其之一为朗孜夏米本扎西贝拉去逮捕更敦群培，并将其财产没收。（《喇嘛王国的覆灭》汉译本，第476页）
　　11月30日，在给霍康·索朗边巴的回信中写道：“本来我曾想到，在写这本书的过程中会有挫折，但是却没有料到挫折竟有这么大。不过，正如宗喀巴大师所教导的，‘上师教诫不严，何以遭受魔难’罢了。如果赞普们真有守舍神并能真正发挥威力的话，那么，我完全这本书可能还有一线希望，除此而外，谁也不会拯救我的。昨天审问时，我对法庭说，仅就我的这部王统史，就足以证明我对西藏并无任何恶意。然而，他却借题发挥地说：‘你这本王统史书可能对西藏产生好处，但是与你同邦达饶嘎秘密往来的害处相比，究竟哪个大呢？’真是颠倒是非，诬陷好人！我虽没有写完这部王统史，但是有无‘罪恶’，究竟有多大的‘罪’，相信将来日出冰消，在西藏所有明智者面前自然会有公论，到那时我也就心满意足了。”
　　是年，与罗列赫合作翻译的《青史》英文版出版，罗列赫在《导言》中写道：It has been a source of much satisfaction to me that I was able to discuss the entire translation with the Rev．dge－vdun chos－vphel，the well－knowm Tibetan scholar，and I gratefully ac－knowledge here his very helpful guidance.
　　与蒙古族格西曲吉札巴（Chos－kyi－grags－pa ）合作完成《格西曲札藏文辞典》，更敦群培花了数年时间为该辞典收集和统计西藏本地的藏语文词汇。1949年，由霍康·索朗边巴资助出版藏文木刻版。
　　是年2－4月，在拉萨罗布林卡霍康·索朗边巴（时任如本）的办公处撰写，《白史，刚写出46叶就被噶厦逮捕关押，只写了松赞干布至芒松芒赞时期的历史。
　　是年，“西藏革命党”在噶伦堡解散。
　　1947年，45岁，被噶厦监禁于朗孜夏监狱。
　　1948年，46岁，被噶厦转移到“雪”监狱监禁。
　　1949年，47岁，向其弟子达瓦桑波讲授龙树的《中论》（Madhyamaka），于1950年讲授完毕，1951年，达瓦桑波根据该讲义印制出木刻版，书名为 《中观其深精要嘉言。龙树密意庄严论》。
　　1950年，48岁，获释出狱。（海德认为是1949年）。霍康·索朗边巴文为1950年。
　　1951年49岁，（藏历阴铁兔年）更敦群培8月14日下午4时在拉萨噶如夏（Dgav－ru－shag）住所去世，享年49岁。还有8月10日；12月18日；8月15日等不同说法。其遗体由霍康·索朗边巴和朗孜厦官员索朗多杰迎往色拉寺附近的帕邦喀天葬场天葬，头盖骨由索朗多杰保存。