山南地区藏医院是在原山南地区人民医院藏医科基础上于１９８２年１０月１日正式建立的，１９８５年正式和地区人民医院分开成为独立区级单位，１９８７年开始为县级单位。
    山南地区藏医院现有职工１１３名（１９９４年），其中藏族１１０人，占全院职工人数的９７.２５％，汉族职工３人，占全院职工人数的２.７５％。在全院职工中医务人员和药技人员７９人，占全院职工人数的７２.％。在医务人员中有副高职务的５名，有中级职称的８名。
    全院占地面积２５５１６平方米，建筑面积为８０７４.０９平方米。门诊部设有藏医内科、肝胆科、妇科、理疗科、五械科、风湿科、保健科、心电图室、放射科、化验室、胃镜室等科室。门诊日均量为１５４人次，门诊用药率１００％是藏药。
   １９８７年建立的住院部分为两个病区，设有６０张病床，病床使用率８７％，以藏医藏药治疗为主，在住院部藏药使用率为９５％。
   １９８５年修建了５２３平方米的制剂室，１９８７年投入生产， 利用自采、自制、自用的好条件，年产２５００多斤制剂，六十种常用药和七种珍贵藏成药。
    １９９０年山南地区行署与瑞士红十字会、援助西藏发展基金会、自治区红十字会共同签定为解决边缘农牧区缺医少药的问题，于１９９２年６月创办了穷结松赞藏医学校，是六年制中等专业学校，招收了４０名学生。山南地区藏医院承担了该学校的教学、管理等。
    １９９２年山南地区藏医院与北京中国藏学研究中心签定合同新建了“北京藏医院”。
    山南藏医院承担了山南地区的藏医药、医学教研的大量任务。几年来发表论文３０余篇，其中国家级一篇，省级３２篇，出版院刊３期，１９８９年研制的《水银中毒的解毒藏药新处方》荣获自治区科技成果三等奖。