藏医学理论认为药物与五行有关，其性、味、效亦源于五行。五行（土、水、火、气、空）中土为生物生长之本源；水为生长之汁液；火为生长之热源；气为生长运行之动力；空为生物生长之空间。五行缺一，生物则不能生长。这就阐明了药物生长与自然环境的统一关系。同时又指出；土水偏盛的药物味甘；火土偏盛的药物味酸；水火偏盛的药物味咸；水气偏盛的药物味苦；火气偏盛的药物味辛；土气偏盛的药物味涩。 藏医在临床上用药是根据药物的六味、八性、十七效辩证主方。
　　六味即甘、酸、咸、苦、辛、涩。药物的六种味对于治疗疾病贩作用也就各不相同。总的来说，甘、酸、咸、辛能治隆病；苦、甘、涩味能治赤巴病；辛酸、咸味能治培根病。 还详细指出了每一味各自的作用和过量的过失。例如：甘味具有增强体力、补气固本，荣润肤色，延年益寿，开窍舒胸，生肌愈疮，治隆赤病的功效。用量过度，滋生培根病及脂肪，降低阳气等过失。甘味能治隆赤病，但是除了甘味陈青稞及干燥地区之畜肉外，多数甘味易于滋生培根病，惟有野牛肉、鱼、羊肉、蜂蜜却对治病培根病有益等。
　　药味经过消化后之变化：药物入胃，通过胃的消化分解，能使用权原有之味发生变化。如甘咸两种药物，经过初步培根消化后，则化为甘味。酸味在中期赤巴消化后，仍然化为酸味。苦、辛、涩三味在后期等火风消化后，转化为苦味。经过消化后的药味作用是，甘味能治隆与赤巴病；酸味能治培根与隆病；苦味能治培根与赫巴病。 
八性，即重、润、寒、钝 、轻、糙、热、锐。药性“生、润、寒、钝”者可治隆病、赤巴病；药性“轻、糙、热、锐”者可治培根病。
　　十七效，即药物具有柔、生、温、润、稳、寒、钝、凉、软、稀、干、燥、热、轻、锐、糙、动等十七种效能。 每种药物都具有固定的性味、效。必须根据十七效的对治配伍主方。
　　所谓对治，就是两两相对，其性相反，一为药性，一为病性。如寒与热，寒性病用热性药治之，热性病用寒性药治之。