六世达赖喇嘛仓央嘉措年轻时期，正处于西藏的多事之秋。当时五世达赖喇嘛的接班人第思*桑杰嘉措正忙于扩修布达拉宫和五世达赖喇嘛阿旺罗桑嘉措的灵塔。因为五世达赖有遗嘱秘不发丧12年，所以第思*桑杰嘉措按遗愿严加保密，讳莫如深。却因第思权高势重，结果秘不发丧15年之久。真相败露后他亲自确认了西藏门域的仓央嘉措为第六世达赖喇嘛。于公元1697年农历10月25日迎请到布达拉宫举行了坐床仪式。
   1705年，蒙古和硕特部的固始汉的曾孙拉藏汉唯利是图，与藏王第思*桑杰嘉措展开了激烈争斗，结果桑杰嘉措被杀，拉藏汉堂而皇之地登上了藏王的宝座（1717年被准噶尔才旺热丹派遣了六千多骑兵杀死了拉藏汉）。1706年，拉藏汉废黜仓央嘉措，另立瓦各增丹巴为六世达赖喇嘛，藏族人不承认这位益西嘉措是达赖，于是局势更加动荡不安。无奈，后来把拉藏汉所立的达赖迎至今河北省承德普宁寺定居。时为1717年。
   拉藏汉废黜六世达赖仓央嘉措后，于1706年被送往京师，次年行至青海湖畔时，他只身遁去，押送人员向清帝谎报仓央嘉措在途中病逝。一场公案，从此结束。此后仓央嘉措化名为阿旺曲扎嘉措，巡礼甘肃、青海、四川、西藏、尼泊尔、印度、蒙古、北京等地。期间六世达赖喇嘛在甘肃省天祝藏族自治县境内创建了石门新寺（藏语称嘉荣大寺），并亲自任法台25年之久。此外还兼任天祝县的东大寺等甘青两省华锐藏区十二座寺院的堪布。应东大寺和妙因寺的寺主鲁家堪布之邀，在妙因寺成立了传召大法会（即正月十五的神变祈愿大法会）。
   仓央嘉措大师隐姓埋名辗转诸地朝圣，第二次从西藏驾临安多后，首先到广惠寺（青海大通县境内的一座寺院），之后径直去了内蒙古阿拉善，并在那里确认了第思*桑杰嘉措的化身。又在阿拉善选定南寺寺址，建立神变祈愿大法会等，为安多和内蒙诸地弘扬佛法付出了毕生的心血。对于边荒北土力弘释迦如来何宗喀巴大师的自宗清净皇冠教法而呕心沥血，的确功不可没！仓央嘉措大师最后在内蒙古阿拉善圆寂，享年64岁。