１８４０年发生的鸦片战争，使中国历史进入近代史时期。中国近代史的总的特点是帝国主义列强侵略中国，使中国逐步沦入半殖民地半封建社会，中国各族人民进行了英勇的反帝爱国斗争，而清朝封建统治阶级为维护他们的统治，对外妥协退让，对内镇压人民的反抗。西藏近代史也具有和全国近代史相同的特点。

七世班禅呈给清朝光绪皇帝的奏书

    二世策墨林活佛任摄政二十多年，权势很重，同时也与西藏僧俗产生了一些矛盾。１８４４年七世班禅等僧俗上层控告他贪赃受贿、勒索百姓，并有暗害九世达赖喇嘛、十世达赖喇嘛和虐待十一世达赖喇嘛的嫌疑，清朝命驻藏大臣琦善查办。琦善即是在鸦片战争中昏庸误国，在广州向英国侵略者妥协的投降派主要人物，后被革职，后来又被派到西藏任驻藏大臣。经琦善奏准，将二世策墨林撤职关押，期间曾被色拉寺僧人抢出，图谋翻案未成，被押送回甘南居住。琦善随即请七世班禅出任摄政，七世班禅在拉萨担任代理摄政七个多月，即辞职返回扎什伦布寺。清朝就任命九世热振活佛阿旺意希楚臣坚赞（锡德桑丹林）担任摄政。