1481年 明宪宗成化十七年 藏历第八饶迥铁牛年

　　仁蚌巴 .顿月多吉逼迫贡噶勒巴退位，由贡噶勒巴之侄阿格旺波继任帕竹第司。当时帕竹朗氏家族只剩他一个男性后裔，故臣下请求他娶妻繁衍后代，从此帕竹第司一职改由父子世袭。

       1490年 明孝宗弘治三年 藏历第八饶迥铁狗年

　　帕竹第司阿格旺波去世，其子阿旺扎西扎巴年3岁，故同噶玛噶举红帽系四世活佛却扎益西出任丹萨替寺京俄，代理帕竹政权政务，同仁蚌巴 .措杰多吉以丹萨替寺京俄的代表的身份在乃东掌管行政事务。却吉益西在仁蚌巴 .顿月多吉的资助下在拉萨北面兴建羊八井寺，成为噶玛噶举派的另一个主要寺院。

       1494年 明孝宗弘治七年 藏历第八饶迥木虎年

　　贡噶坚赞著《噶当派教法史》。

        1495年 明孝宗弘治八年 藏历第八饶迥木兔年

　　桑结坚赞著《米拉日巴传》。

      1498年 明孝宗弘治十一年 藏历第八饶迥土虎年

　　仁蚌巴 .顿月多吉下令禁止格鲁派拉萨三大寺僧 人参加拉萨正大祈愿法会，长达20年。

       1499年 明孝宗弘治十二年 藏历第八饶迥土羊年

　　阿旺扎西扎巴继任帕竹第司。

      1509年 明武宗正德四年 藏历第九饶迥土蛇年

　　根敦嘉措在山南建曲科杰寺。

       1512年 明武宗正德七年 藏历第九饶迥水猴年

　　明朝封阿旺扎西扎巴为阐化王。根敦嘉措任扎什伦布寺住持。

       1514年 明武宗正德九年 藏历程经九饶迥木狗年

　　夏鲁译师却迥桑布著《正字法宝匣》。

       1515年 明武宗正德十年 藏历第九饶迥木猪年

　　从本年开始，以帕竹第司阿旺扎西扎巴为首的前藏地方首领和以仁蚌巴为首的后藏地方首领发生多年混战。

       1517年 明武宗正德十二年 藏历第九饶迥火牛年

　　帕竹第司阿旺扎西扎巴的支持者在江孜、南森林击败仁蚌巴的军队，阿旺扎西扎巴下令恢复格鲁派僧人组织拉萨正月大祈愿法会的权利。根敦嘉措任哲蚌寺住持，从此其历辈转世（历辈达赖喇嘛）都要担任哲蚌寺住持，达赖喇嘛成为哲蚌寺的寺主活佛。

       1518年 明武宗正德十三年 藏历第九饶迥土虎年

　　根敦嘉措主持拉萨正月大祈愿法会。阐化王阿旺扎西扎巴将其在哲蚌寺的一座别墅赠给根敦嘉措作为住所，更名为甘丹颇章。

      1521年 明武宗正德十六年 藏历第九饶迥铁蛇年

  　仁蚌巴阿旺济扎著《藻饰学 .智者耳饰》及《诗镜注 狮子吼音》。

      1524年 明世宗嘉靖三年 藏庆贺第九饶迥木猴年

　　红帽系四世活佛却扎益西贝桑圆寂。帕竹第司阿旺扎西扎巴的幼子扎巴迥乃出任丹萨替寺京俄，从此丹萨替寺京俄一职又同帕竹朗氏家庭的人担任。

       1525年 世宗嘉靖四年 藏历第九饶迥木鸡年

　　根敦嘉措兼任色拉住持，此后历辈达赖喇嘛照例也要担任色拉寺院住持。班钦索南扎巴著《中观总义》。

      1529年 明世宗嘉靖八年 藏历第九饶迥土牛年

　　班钦 .索南扎巴著《格鲁泊教法史》。

       1531年 明世宗嘉靖十年 藏历第九饶迥铁兔年

　　帕巴桑结在工布兴建扎西盘德寺。

      1538年 明世宗嘉靖十七年 藏历第九饶迥土狗年

　　班钦索南扎巴著《新红史》。

       1545年 明世宗嘉靖二十四年 藏历第九饶迥木蛇年

　　巴俄 .祖拉陈瓦著《贤者喜宴》（又称《洛扎教法史》），至嘉靖四十三年（1564年）成书。

       1548年 明世宗嘉靖二十七年 藏历第九饶迥土猴年

　　仁蚌巴 .阿旺济扎任命其家臣辛厦巴 次旦多吉为桑珠孜宗本。

       1553年 明世宗嘉靖三十二年 藏历第九饶迥水牛年

　　当仁蚌巴 .阿旺济扎与拉堆绛家族作战时，辛厦巴 .次旦多吉突然袭击仁蚌巴的后方，杀死仁蚌巴阿旺济扎的儿子，双方随即发生混战。

      1557年 明世宗嘉靖三十六年 藏历第九饶迥火蛇年

　　阐化王阿旺扎西扎巴晚年时，其子阿旺扎巴占据贡噶宗，阿旺扎西扎巴及其另外两个儿子住在乃东，双方发生冲突，阿旺扎巴曾一度进兵乃东，迫使阿旺扎西扎巴退位，由阿旺扎巴出任帕竹第司。不久，由于臣下反对，阿旺扎巴职退回贡噶两支。第司辛厦巴次旦多吉又利用拉维绛家族的兄弟内争，占据拉堆绛地区。辛厦巴取代仁蚌巴家族的地位，控制后藏大部分地区。是年，辛厦巴次旦多吉去世，由其子辛厦巴 .丹松旺波继承其权位。

       1578年 明神宗万历六年 藏历第十饶迥土虎年

　　哲蚌寺住持索南嘉措应邀抵达青海湖南岸，会见蒙古土默特部首领俺答汗俺答汗赠给索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”名号，是为“达赖喇嘛”名号之始。索南嘉措剃度蒙古贵族子弟多人出家，使格鲁派传入蒙古，并在青海湖边建格鲁派寺院。又因明朝官员的邀请到甘州，向明朝上奏章，受到明朝的封赏。

       1579年 明神宗万历七年 藏历第十饶迥土兔年

　　索南嘉措按照明朝的要求劝说俺答汗率部众返回土默特，并派弟子东尔活佛随俺答案汗去蒙古，自己动身回藏。

       1580年 明神宗万历八年 藏历第十饶迥铁龙年

　　索南嘉措在回藏途中在理塘建理塘寺。

      1583年 明神宗万历十年 藏历第十饶迥水羊年

　　索南嘉措应土默特部的邀请前往土默特参加俺答汗葬礼。路过青海时在宗喀巴出生地和宗喀巴纪念塔旁兴建弥勒殿，使青海塔尔寺粗具规模。

       1586年 明神宗万历十六年 藏历第十饶迥火狗年

　　索南嘉措抵达归化（今呼和浩特），举行超荐俺答汗的法事，并在呼和浩特建立寺院，授徒传法，漠南北蒙古各部首领纷纷前来拜见求法。

       1588年 明神宗万历十六年 藏历第十饶迥土鼠年

　　明朝因土默特部顺义王奢力克的请求，派人到土默特，封索南嘉措为“朵儿只唱”，并召请他进京朝见。索南嘉措动身进京，途中在卡欧吐密地方圆寂。

       1592年 明神宗万历二十年 藏历第十饶迥水龙年

　　格鲁派和蒙古土默特部王公认定俺答汗曾孙为索南嘉措的转世，此即四世达赖喇嘛云丹嘉措。

      1594年 明神宗万历二十二年 藏历第十饶迥木马年

　　在北京刻印万历版北京《藏文大藏经》。

       1599年 明神宗万历二十七年 藏历第十饶迥土猪年

　　云丹嘉措在蒙藏僧俗护送下从土默特起程进藏。

      1603年 明神宗万三十一年 藏历第十饶迥水兔年

　　云丹嘉措抵达拉萨，在热振寺举行坐床仪式，然后到哲蚌寺居住学经。后以甘丹赤巴为师，出家受沙弥戒。

      1609年 明神宗万历三十七年 藏历第十饶迥土鸡年

　　云南丽江土司索南热丹刻印《藏文大藏经 .甘珠尔》，后来经版存于理塘，称理塘版《藏文大藏经》。

       1611年 明神宗万历三十九年 藏历第十饶迥铁猪年

　　辛厦巴 .丹松旺波之子噶五彭措南杰继任后藏地区的第司，史称第司藏巴。

       1614年 明神宗万历四十二年 藏历第十饶迥木虎年

　　云丹嘉措以当时任扎什伦布寺住持的罗桑确吉坚赞（即四世班禅大师）为师受比丘戒。觉囊派多罗那它在第司藏巴的资助下建达丹彭措林寺。云丹彭嘉因僧众请求担任哲蚌寺住持，同时兼任色拉寺住持。

      1616年 明神宗万历四十四年 藏历第十饶迥火龙年

　　明朝派人进藏，在拉萨封云丹嘉措为“普持金刚佛”，并邀请他进京朝见。云丹嘉措答应进京，但于当年年底在哲蚌寺圆寂。

       1617年 明神宗万历四十五年 藏历第十饶迥火蛇年

　　第司藏巴的军队在拉萨大败支持格鲁派的第司吉雪巴和蒙古的联军，哲蚌寺和色拉寺的数千僧人被杀，第司藏巴下令禁止寻找达赖喇嘛云丹喜措的转世灵童。在达垅寺住持的调停下，在哲蚌寺和色拉寺的许多庄园和属民被第司藏巴没收，并要向第司藏巴缴纳罚金的条件下，第司藏巴同意格鲁派僧人返回哲蚌寺和色拉寺。五世达赖喇嘛阿旺罗桑嘉措在琼结出生。

       1618年 明神宗万历四十六年 藏历第十饶迥土马年

　　第司藏巴噶玛彭措南杰进兵雅隆，第司藏巴政权控制前后藏大部分地区，号称“藏堆杰波”，清初汉译为“藏巴汉”。达赖喇嘛云丹嘉措的强佐索南饶丹声称到曲科杰寺发掘根敦嘉措建寺时埋藏的宝物以缴纳罚金，得以第司藏巴的允许，从拉萨去曲科杰圭。强佐索南饶丹在路上摆脱第司藏巴所派的监视者，前往青海蒙古搬救兵。

      1621年 明熹宗天启元年 藏历第十饶迥铁鸡年

　　强佐索南饶丹领来在青海的蒙古土默特部拉尊穷哇的军队，在拉萨大败第司藏巴的军队，当时正在哲蚌寺的四世班禅罗桑确吉坚赞出面调停，第司藏巴被迫同意归还哲蚌寺和色拉寺被没收的庄园和属民，并准许达赖喇嘛转世。第司藏巴噶玛彭措南杰去世，其子噶玛丹迥旺波继位，年仅17岁。

       1622年 明熹宗天启二年 藏历第十饶迥水狗年

　　出身于山南琼结家族的阿旺罗桑嘉措（当时在羊卓浪卡子舅父家中居住）被认定为五世达赖喇嘛，经第司藏巴 .噶玛丹迥旺波允许，由格鲁派和蒙古的代表迎请到拉萨哲蚌寺坐床。

       1629年 明思宗崇祯二年 藏历第十一饶迥土蛇年

　　阿旺贡噶索南扎巴坚赞著《萨迦世系史》。

       1635年 明思宗崇祯八年 藏历第十一饶迥木猪年

　　占据青海的蒙古喀尔喀部却图汗派其子阿尔斯兰领兵进藏支持第司藏巴和噶玛噶举派反对格鲁派。阿尔斯兰进藏后转变计划，与格鲁派保持和平，并派捕兵攻打第司藏巴。后来阿尔斯兰被部将杀死后，其部众云散。

       1637年 明思宗崇祯十年 藏历第十一饶迥火牛年

　　信奉格鲁派的卫拉特蒙古和硕特部首领固始汗因格鲁派的请求，率后从新疆南下青海，一举攻灭却图汗。固始汗带领少数随从到拉萨会见五世达赖喇嘛阿旺罗桑嘉措和四世班禅罗桑确吉坚赞，双方互赠名号，五世达赖喇嘛赠给固始汗的名号为“丹增却吉杰波”（持教法王）

        1638年 明思宗崇祯十一年 藏历第十一饶迥土虎年

　　五世达赖喇嘛阿旺罗桑 嘉措以四世班禅罗桑确吉坚赞为师受比丘戒。

        1639年 明思宗崇祯十二年 藏历第十一饶迥土兔年

　　固始汗进兵康区，攻打敌视格鲁派的白利土司。西藏各地方势力首领联合派戴青曲杰为代表到沈阳去与清朝建立关系。