属于动物类型，面积１８．５万公顷，主要保护对象为滇金丝猴及原始森林生态系统。芒康自然保护区，建于1993年，面积为1853平方公里，位于芒康山一带，南邻滇西北的云岭山脉，海拔3500－4500米，气候温凉，森林植被保存较好，除阳坡有较大面积高山栎灌以外，阴坡及众多支沟中都生长着原始的云杉和冷杉林，并混生有落叶松与大叶杜鹃。我国目前22种濒危动物之一，国家一级保护动物滇金丝猴即栖居于此，是我国滇金丝猴主要分布区。保护区内地势虽很险峻，但滇藏公路贯穿于内，是目前西藏境内交通相对便利的一个保护区。
    尤其值得一提的是昌都境内有两处自治区级野生动物重点保护区。芒康滇金丝猴自然保护区面积为1853平方公里。据了解，目前滇金丝猴在世界上的数量仅存1000多只，而在芒康的自然保护区内，就有约600多只。在该保护区内除金丝猴外，国家和自治区重点保护的野生动物59种，其它常见的动物也在百种以上。类乌齐长毛岭马鹿自然保护区，总面积约为637平方公里。保护区内有国家和自治区重点保护的野生动物近30种，野生的马鹿约有1000余头。为了自然驯化马鹿，早在70年代，在该区那登通的草原上，就建立了西藏第一处的马鹿自然驯化场地。在离昌都镇40公里左右的朱角山上，德国专家发现了成片的古柏树。他们研究认定，这处古柏树生长距今约1200多年。这对于研究当时的气候和生物发展史有着重要的研究价值。1976年，中国科学院青藏高原综合考察队古脊椎动物组，在昌都县达野乡境内发掘了5处恐龙化石，填补了西藏在这方面的科学空白，也是研究昌都地区古地理、古气候的宝贵资料.